말레이어(語)로 ‘짧은 머리털’을 뜻하는 파푸아는 1526∼1527년 뉴기니섬 해안을 항해한 포르투갈인(人) 탐험가 J. 메네세가 뉴기니 남해안에 붙인 이름에서 유래한다. 당시 원주민은 파푸아인과 멜라네시아인으로 구성되어 있었고 모두 원시적 농경에 종사해 문명의 흔적은 찾기 어려웠다. 1660년 네덜란드 동인도회사가 이 지역의 영유권을 주장한 이래 18세기에는 유럽 열강들이 앞을 다투어 이 해역의 조사에 나섰다. 1828년 네덜란드는 뉴기니섬의 서부를 병합, 1920년 네덜란드령 동인도의 특별주로 만들었다.

19세기 말에는 독일도 이 해역에 진출, 1884년 이 섬의 나머지 동반부 중에서 북부를 병합하였다. 영국은 이에 대항하여 같은 해에 남부를 병합한 뒤, 1906년 오스트레일리아 연방의 준주(準州)로서 파푸아라고 개칭하였다. 제1차 세계대전 후 구독일령은 오스트레일리아의 국제연맹 위임통치령이 되었다. 제2차 세계대전 중에는 일본군이 뉴기니섬의 대부분을 점령하였고, 일본의 패전 후 1946년에는 오스트레일리아의 UN 신탁통치령이 되었다.

1973년 12월에는 전지역이 자치를 인정받게 되었으며, 1975년 9월 영국연방 국가로서 독립하였다. 1977년 6월 독립 후 처음으로 총선거가 실시된 바 있다. 1980년 3월 불신임결의로 물러났던 팡당(黨)의 소매어가 1982년 6월의 총선거에서 줄리어스 찬 내각을 물리치고 다시 총리에 취임하였다. 1985년 실업자 소요사태로 81일간 비상사태 선포 후 11월에 의회를 해산했다. 1988년 7월 팡당과 소수당에 의한 나말리우 연립정권이 탄생한 후, 1992년 파이아스 윙티(Paias Wingti), 1994년 줄리어스 찬, 1997년 빌 스케이트(Bill Skate)를 거쳐 1999년 메케레 모라우타(Mekere Morauta)가 총리로 선출되었다. 2002년 8월 5일에는 마이클 소마레(Michael Thomas Somare)가 총리로 취임한 후2007년 8월 13일 재취임하였다