사도 성 베드로가 순교한 지(67년경)얼마 안되는 2세기 초엽 사도의 무덤 위에 가이오 신부가 이교인 무덤과 비슷하게 다시 기념 묘각을 세웠다. 313년 밀라노 칙령으로 그리스도교인들에게 종교자유가 인정된 이후 콘스탄틴 대제는 초라하게 땅 속에 묻혀 있던 사도의 유골을 거두어 특별히 마련한 돌궤에 안치하였다. 그리고 기념 묘단을 만들어 그 돌궤를 보존하기 위해 무덤 위를 덮었다. 그 무덤을 중심으로 지은 대성당을 교황 실베스떼르(Sylvester, 314-335)1세가 326년 11월 8일 성대하게 축성하였다. 교황 그레고리오 1세(590-604년)는 콘스탄틴 대제 기념 묘단과 거의 같은 높이로 그 주위를 대리석으로 덮어 성직자석으로 꾸미고 새 제대를 크게 지어 그 기념묘단을 덮었다. 교황 갈리스도(Calixtus, 1119-1234년) 2세는 다시 더 큰 제대를 만들어 기왕에 있던 제대를 덮고, 교황 클레멘스(Clemens, 1592-1605년)8세는 새로운 대성당 건축을 계속 하면서 다시 더 큰 제대를 세워 덮었으니, 이 제대가 바로 현재까지 사용되고 있다.

콘스탄틴 대제에 의해 세워진 대성당은 1,200년 동안 존속하였으나 붕괴될 위험이 있었다. 성년을 맞이하여 보수, 증축할 필요성이 생겨 교황 니꼴라오(Nicholas, 1447-1455) 6세 때 공사가 시작되었으나, 그의 죽음으로 중단  되었다. 1506년 교황 율리오(Julius, 1503-1513년) 2세는 대성당을 허물고 새로 짓도록 명하였다. 브라만떼, 라파엘로, 미켈란젤로, 폰티나, 베르니니, 마데르노 등 당대의 거장들에 의해 작업이 이어진 끝에 1626년 11월 18일 콘스탄틴 대제 때 세워진 대성당 이후 1,300년만에 교황 우르바노(Urban, 1623-1644)8세가 새로운 대성당을 축성하였다.

이 대역사는 120년만에 끝났다. 그러나 광장과 그 외의 부분들은 1700년 초까지 공사를 계속하여 이루어진 작품들이다. 광장 주위의 기둥들은 1656년에 시작하여 11년 후인 1667년에 완성되었다. 이리하여 그리스도교 신자들의 신앙과 예술이 총 발휘되어 옛 묘소를 영예롭게 장식하기에 이르렀다.

최근의 고고학 발굴로 그 묘소가 오랜 세월이 지난 지금까지 옛 모습을 고스란히 간직하여 왔음이 고증되었다. 여러 과학적인 연구를 토대로 교황 비오(Pius, 1939-1958)12세와 교황 바울로(Paulus, 1963-1978년) 6세는 현존하는 유해가 사도 베드로의 것임을 재차 공식 선언하였다. "정말 사도 베드로의 무덤이 재발견 되었는가? 많은 작업과 여러 가지 연구의 최종적인 결론은 ''그렇다''는 답변입니다. 사도들의 머리이신 베드로의 무덤이 과연 재발견되었습니다."(비오 12세, 1950년 크리스마스 메세지)

"예, 그렇습니다. 그분의 무덤뿐만이 아니라, 그분의 지극히 존경하올 유해에 대해서도 마찬가지로 역사적 고증이 성립되었습니다. 베드로는 바로 이 자리에 계십니다. 문헌, 고고학, 방증, 그리고 논리 등의 분석이 우리에게 이 사실을 입증해 주었습니다."(바울로 6세, 1978년 6월 29일자 연설)

(1)베드로 대성당의 내부



성전에 들어서면 우선 한 사람이 일한 듯이 모든 게 잘 균형 잡혀 있다는 데 놀라지 않을 수 없다. 현관까지의 총 길이는 230미터, 둥근 천정까지의 높이가 136미터, 가운데 통로 끝에 있는 성령을 상징하는 비둘기 모양의 상은 날개 길이가 1.5미터이며, 성전 안에는 6만 명이 서 있을 수 있다. 성전의 가운데 통로 바닥에는 세계 유명한 성당의 길이를 표시하고 있어 성 베드로 성전의 크기를 짐작할 수가 있다.
  가은데 홀에서 제2차 바티깐 공의회를 개최하였다. 그리고 예수부활 대축일이나 예수 성탄 대축일 미사 때는 가운데 좌석을 배치하여 성직자들과 신자들이 여기에 앉아서 미사참례를 한다.

넓다란 현관으로 들어서면 성당으로 들어가는 문이 다섯 개가 보인다.

(2) 교황 제단

중앙 회중석과 양편 주랑이 교차하는 지점, 대성전 중심이 되는 곳에 교황제단이 놓여 있다. 고백의 제단이라 불리는 여기서 교황이 미사를 집전한다. 일찍이 성 베드로가 피로써 신앙고백을 하였고, 그 뒤 모든 세기를 통해 헤아릴 수 없이 많은 신자들이 이곳에서 신앙을 고백하고 있다.
 이 제단은 베드로 사도의 무덤 바로 위에 세워져 있다. 갈릴리의 어부였던 베드로에게 바쳐진 영광은, 제단 위에 세운 베르니니의 거대한 구리기둥 천개(Ciborium), 그 위로 치솟은 미켈란젤로의 웅장한 원형 천정, 그리고 천정(Cupola)받침 둘레에 새겨진 "너는 베드로이다. 내가 이 반석 위에 내 교회를 세우겠다."(마태오 16, 18)는 예언 말씀을 대변하고도 남는다.

그후 여러 차례 제대를 새롭게 덮어 설치했음에도 불구하고, 2천여년 전에 묻혔던 베드로 사도 무덤의 중심과 그 제대의 중심은 한번도 변경되지 않고 수직선을 유지했다.
  미켈란젤로의 웅장한 원형 천정의 외부 꼭대기 십자가는 베르니니의 천개 중심을 통과하여 베드로 사도의 무덤과 수직선을 이루고 있다. 또한 이 꼭대기의 십자가는 대성전 가운데의 중앙탑(오벨리스크)꼭대기의 십자가와 정동향으로 일직선을 이루고 있다.  이는 최후심판 때에 동쪽에서 그리스도께서 오신다는 초대 교회 공동체의 믿음을 나타내고 있다. 그래서 베드로 사도의 유해를 비롯한 초대 교회 건축의 위치가 정동향으로 되어 있다.

             
미켈란젤로의 웅장한 원형 천정.                 베르니니의 거대한 구리기둥 천개(Ciborium).